L'église du Fort est reconstruite en 1678 en maçonnerie, à l'initiative du père Farganèle. Elle sera desservie par les Jésuites jusqu’à leur expulsion en 1763.

Endommagé par le cyclone dévastateur de 1891, l’édifice est transformé et agrandi en 1899.
Le jeudi 08 mai 1902, jour de l'Ascension, alors que de nombreux fidèles et communiants assistent à la messe de communion solennelle, l’église du Fort est entièrement soufflée par l‘onde de choc provoquée par l'éruption de la Montagne Pelée.
Ce jour là, ce sont près de 30 000 personnes qui périssent.

Les ruines de l’église, constituées d'énormes masses de maçonnerie, sont aujourd'hui un monument historique qui témoigne de sa qualité architecturale et de la violence de l’explosion.